Vị trí địa hình Nam Bộ là khu vực phía cực nam của Việt Nam và chính là Nam Kỳ. Nam Bộ là một trong ba vùng chính của lãnh thổ Việt Nam (gồm Bắc Bộ, Trung Bộ và Nam Bộ). Địa hình trên toàn vùng Nam Bộ khá bằng phẳng, phía tây giáp Vịnh Thái Lan, phía đông và Đông Nam giáp biển Đông, phía bắc và Tây Bắc giáp Campuchia và một phần phía tây Bắc giáp Nam Trung Bộ.
Đông Nam Bộ có độ cao từ 100 - 200m, có cấu tạo địa chất chủ yếu là đất đỏ bazan và đất phù sa cổ. Khu vực đồng bằng sông nước ở đây chiếm diện tích khoảng 6.130.000ha cùng trên 4.000 kênh rạch với tổng chiều dài lên đến 5.700 km.
Tây Nam Bộ có độ cao trung bình gần 2m, chủ yếu là miền đất của phù sa mới. Có một số núi thấp ở khu vực tiếp giáp với vùng Tây Nguyên, miền Tây tỉnh Kiên Giang và Campuchia.
Hai hệ thống sông lớn nhất trong vùng là sông Đồng Nai và sông Cửu Long. Ngược với dòng Sông Đồng Nai có lượng phù sa thấp, dòng sông Cửu Long có lượng nước đổ về trung bình khoảng 4.000 tỷ mét khối và hàng năm vận chuyển khoảng 100 triệu tấn phù sa, giữ vai trò rất quan trọng đối cho đồng bằng sông Cửu Long có diện tích 39.734 km². Cho đến nay, đồng bằng sông Cửu Long vẫn còn là một vùng đất thấp, độ cao trung bình so với mặt biển chỉ vào khoảng 5 mét. Một số khu vực như tứ giác Long Xuyên, Đồng Tháp Mười và phía tây sông Hậu đang tồn tại ở mức thấp hơn mặt biển, chính vì vậy mà hàng năm có tới 1 triệu ha bị ngâp nước mặn trong thời gian từ 2 đến 4 tháng. Các nhà nghiên cứu lịch sử về vùng đất này cho rằng, cách đây hàng triệu năm nơi này vốn là một vịnh lớn nhưng đã được bồi đắp dần bởi phù sa của sông Cửu Long.
Nam Bộ nằm trong vùng đặc trưng của khí hậu nhiệt đới gió mùa và cận xích đạo, nền nhiệt ẩm phong phú, ánh nắng dồi dào, thời gian bức xạ dài, nhiệt độ và tổng tích ôn cao. Biên độ nhiệt ngày đêm giữa các tháng trong năm thấp và ôn hòa. Độ ẩm trung bình hàng năm khoảng từ 80 - 82%. Khí hậu hình thành trên hai mùa chủ yếu quanh năm là mùa khô và mùa mưa. Mùa mưa từ tháng 5 đến tháng 11, mùa khô từ tháng 12 tới tháng 4. Về mùa vụ sản xuất có khác với khu vực Đồng bằng Bắc Bộ.
Lượng mưa hàng năm dao động từ 966 - 1325mm và góp trên 70 - 82% tổng lượng mưa trong suốt cả năm. Mưa phân bố không đều, giảm dần từ khu vực giáp ranh từ Thành phố Hồ Chí Minh xuống khu vực phía tây và Tây Nam. Ở khu vực Đông Nam có lượng mưa thấp nhất. Khi xuất hiện cường độ mưa lớn xảy ra trên một số khu vực trong vùng, thường gây hiện tượng xói mòn ở những vùng gò cao. Khi mưa kết hợp với cường triều và lũ sẽ gây ngập úng, ảnh hưởng đến sản xuất và đời sống của dân cư trong vùng.
Vì hiện tượng biến đổi khí hậu chung, vùng Đồng bằng Nam Bộ trong thời gian tới có thể bị tác động rất lớn do các nguồn nước ở các sông bị cạn kiệt, đặc biệt là sông Mê Kông. Theo các nhà khoa học thì tới năm 2070, sự thay đổi thời tiết trong vùng sẽ tác động đến nguồn nước của đồng bằng sông Cửu Long, chủ yếu thông qua các dòng sông vừa và nhỏ, các dòng chảy bị giảm thiểu đi.
